Warna agouti dikontrol oleh gen dominan pada lokus A (catatan : lokus: tempat atau prosisi gen dalam kromosom) (genotipenya A_). Dalam keadaan homosigot resesif akan menghasilkan warna hitam. (catatan Genotipe: komposisi gen yang dimiliki oleh kucing yang mengontrol suatu sifat).
Pola warna tabby mackerel biasanya dijumpai pada kucing mongrel. Warna ini hampir menyerupai warna kucing liar. Pola warna bloched tabby memiliki garis garis hitam yang tidak beraturan. Kucing abyssinian hampir tidak memiliki garis garis hitam, kecuali dalam jumlah kecil pada bagian kaki dan ekor.
Ketiga macam pola warna tabby ini dikontrol oleh gen Ta untuk pola warna abysssinian (dominan terhadap T dan t), T untuk pola mackerel (dominan terhadap t dan resesif terhadap Ta) dan t untuk pola warna tabby bloched (resesif terhadap Ta dan T).
Agar warna hitam pada kucing dapat diekspresikan, paling tidak harus ada gen dominan pada lokus B (B_). Genotip bb alan menghasilkan warna coklat. Gen resesif b epistasis (catatan : keberadaanya akan menutupi ekspresi gen lain yang bukan lokusnya) terhadap aa. Diduga ada alel lain yang bersifat resesif terhadap b yang menghasilkan warna coklat susu.
Produksi melanin red (orange) disebabkan oleh gen kodominan O (catatan: tidak salng mendominasi) (epistasis terhadap aa). Alel o yang homosigot pada kucing betina akan menghasilkan warna hitam (genotipnya aaB_oo). Oleh karena gen gen pada lokus O terpaut kelamin (catatan: lokasinya berada pada kromosom sex X), maka pada kucing jantan yang berwarna hitam hanya memiliki satu gen o saja (genotipnya aaB_oY, lambang Y adalah kromosom Y yang tidak membawa lokus O).
Kucing betina berwarna orange akan memiliki genotipe aaB_OO dan pada jantan aaB_OY). perlu diketahui bahwa gen O diekspresikan secara kodominan dan terpaut kelamin. Kucing betina heterosigot akan berwarna hitam dan orange dengan bulu hitam diantaranya, pola ini disebut dengan warna tortoiseshell. Pola warna ini tidak dijumpai pada kucing jantan, karena kucing jantan normal hanya memiliki satu kromosom X saja.
Dua gen mutan (catatan: gen yang telah mengalami mutasi) pada lokus C, yaitu cb dan cs yang masing masing akan menghasilkan pula warna burma dan siam. Kucing burma (genotipnya cbcb) memiliki warna coklat kehitaman pada bagian tubuh dengan warna yang lebih gelap pada telinga ekor dan hidung, sedangkan matanya berwarna biru.
Kucing siam (genotipnya cscs) memiliki warna putih di seluruh tubuh dengan warna gelap disekitar mata, telinga hidung dan ujung kaki. Jika genotipnya cbcs akan menghasilkan kucing dengan warna pertengahan antara pola warna burma dan siam. kedua alel (catatan : pasangan gen) ini resesif terhadap alel C yang mengontrol ekspresi warna penuh yang warnanya akan ditentukan oleh gen gen yang terletak ada lokus lainnya.
Kucing putih polos (catatan: bukan albino) dihasilkan oleh gen dominan W, sedangkan warna lain dihasilkan oleh genotipe ww. Biasanya warna mata kucing putih ini adalah biru atau copper. Gen dominan ini tampaknya memiliki pengarih pleiotropy (catatan : gen yang mempengaruhi lebih dari satu sifat), dengan hampir 50% kucing putih mengalami ketulian. Gen dominan I menekan perkembangan melanin yang berakibat dihasilkannya warna putih dengan ujung bulu yang berwarna.
Fenotipe (Catatan: ekspresi suatu sifat yang dapat kita lihat)yang dihasilkan adalah silver, chinchilla, dan coklat tua seperti pada kucing persia. Pola warna bercak putih yang tidak beraturan pada kucing bersifat dominan (genotipenya S_). Jika bercak putih ini muncul bersamaan dengan warna tortoiseshell, maka warna orange dan hitam akan terpisah dengan jelas. Pola warna seperti ini kita kenal dengan pola warna calico (kucing warna belang tiga).
Derajat warna putihnya bervariasi dari hanya sedikit saja sampai banyak. jadi apabila dalam keadaan normal, maka hanya kucing betina saja yang memiliki warna calico, sedangkan kucing jantan hanya berwarna bicolor. Kadang-kadang masih terdapat kucing jantan calico yang dihasilkan akibat ketidak normalan pembelahan sel, dimana kucing jantan ini memiliki kelebihan kromosom sex X (genotipenya aaB_OoY, catatan kucing ini memiliki kromosom sex XXY). Biasaya kucing jantan ini mengalami kelainan reproduksi dan steril.
Gen dilusi d bersifat resesif. Apabila dalam keadaan homosigot, akan mendilusi warna hitam menjadi blue dan warna kuning menjadi cream. Warna gelap diproduksi oleh gen D_.Sintesa granul pigmen dikontrol oleh oleh enzim tyrosinase yang sangat peka tehadap suhu. Makin gelap warna kucing, akan semakin peka terhadap suhu. Sebagai contoh warna hitam lebih peka dibandingkan dengan warna coklat. Warna coklat lebih peka terhadap suhu jika dibandingkan dengan warna cinnamon.
Sehingga kalau kita perhatikan akan terlihat jelas bahwa barna bulu bagian atas akan lebih gelap jika dibandingkan dengan bagian tengah bulu dan tampak hampir berwarna putih pada pangkal bulu yang berdekatan dengan kulit kucing yang suhunya tentunya lebih hangat.
Anak kucing berwarna pointed biasa dilahirkan berwarna putih, sebab warna masih belum terbentuk akibat anak kucing selama dalam kandungan berada dalam uterus induknya yang hangat. warna mulai muncul pada bagian yang terdingin dari bagian tubuh. Pada bagian tubuh yang lebih hangat akan terbentuk warna yang lebih sedikit.Sel yang menghasilkan pigmen terbentuk pada tahapan embrio dan selanjutnya bermigrasi ke seluruh bagian tubuh. Warna spot putih tidak dapat diduga dan dikontrol kuantitas dan kualitasnya.
Kucing Birman kemungkinan mengalami modifikasi gen, sehingga warna putih hanya ditemukan pada bagian kakinya saja.Warna bulu, kulit dan mata disebabkan oleh keberadaan melanin yang terbentuk sesudah terjadinya reaksi biokimia ensim tyrosinase. Sintesis tyrosinase terjadi di melanocyte yang merupakan basis pembentukan melanin.
Melanin terdeposit dalam bentuk granul dengan berbagai macam bentuk, ukuran, dan letak sebaranya sehingga menghasilkan bermacam-macam variasi warna. terdapat dua macam sintesis melanin, yaitu eumelanin dan phaeomelanin.Granul Eumelanin (warna gelap) berbentuk sperikal dan menyerap hampir semua warna. Granul phaeomelanin berbentuk bulat panjang dan memantulkan cahaya dengan kisaran warna mulai dari merah jingga sampai kuning.
Melanin akan terdeposit secara merata pada bulu apabila enzim diproduksi secara terus menerus, pembentukan warna dimulai dari ujung bulu, bagian tengah dan bagian pangkal bulu. bagian bawah bulu seringkali berwarna lebih pucat
Warna Mata
Sampai saat ini genetika pewarisan sifat warna mata masih belum sepenuhnya dapat dijelaskan dengan pasti. Warna mata tidak saja menyangkut substansi warnanya, akan tetapi merupakan refleksi cahaya yang mengenai berbagai material yang ada di mata.
Secara umum perbedaan warna mata ditentukan oleh konsentrasi, granulasi dan endapan melanin. Warna mata ditentukan oleh tingkat intensitas melanin di depan atau di belakang iris mata.Warna mata biru merupakan akibat dari tidak adanya pigmen di depan iris mata dan adanya melanin kecoklatan yang tersebar di belakang iris mata. Warna biru merupakan refleksi dan dispersi cahaya yang melaluinya.
Warna mata hijau merupakan dilusi warna pigmen coklat atau kuning di depan iris mata dan adanya melanin kecoklatan yang tersebar di belakang iris. Pigmen kuning tertutupi oleh latar belakang warna biru dan berakibat dihasilkannya efek kehijauan. Intensitas warna hijau tergantung pada kualitas dan kuantitas melanin yang berada di depan iris.
Warna mata hazel dihasilkan dari penambahan pigmen di depan dan dibelakang iris mata yang menghasilkan efek kuning keperakan atau kuning dengan efek hijau.
Warna mata cooper, gold dan orange terjadi apabila bagian depan iris mata dipenuhi oleh pigmen, sehingga tidak ada refleksi cahaya yang mengenainya.
Gen yang menghasilkan kucing berwarna spot putih dan pointed akan menghasilkan pengaruh munculnya warna mata kebiruan.Gen mink mencegah kemunculan pigmentasi penuh dan penyebaran granul pigmen yang kan menghasilkan warna efek warna mata biru kehijauan.Gen sepia mencegah terjadinya pigmentasi penuh dan menghasilkan efek warna mata gold.
